Además de la aplicación de software que creó un archivo, el sistema operativo que se utiliza en una computadora también puede determinar si un archivo es compatible o no. Los diferentes sistemas operativos utilizan diferentes sistemas de archivos y es posible que algunos formatos de archivos no sean compatibles con ciertos sistemas operativos. Por ejemplo, es posible que los archivos creados en una computadora Mac no sean compatibles con una computadora con Windows y viceversa.
Para garantizar que un archivo sea compatible, es importante utilizar la aplicación de software y el sistema operativo correctos. Si un archivo no es compatible, puede que sea necesario convertirlo a un formato diferente o utilizar una aplicación de software o sistema operativo diferente.