Los efectos secundarios comunes de la azitromicina incluyen diarrea, náuseas, vómitos y dolor abdominal. También puede causar prolongación del intervalo QT, un trastorno del ritmo cardíaco. En raras ocasiones, esto puede provocar torsades de pointes, un tipo de taquicardia ventricular potencialmente mortal. La azitromicina no se recomienda para personas con antecedentes de prolongación del intervalo QT o con niveles bajos de potasio o magnesio en sangre. Debe usarse con precaución en personas con enfermedades hepáticas o renales. Tampoco se recomienda el uso de azitromicina en combinación con ciertos medicamentos que también pueden prolongar el intervalo QT, como cisaprida, dofetilida, eritromicina y moxifloxacina.
La azitromicina es un antibiótico macrólido que actúa interfiriendo con la síntesis de proteínas y ácidos nucleicos en las bacterias. Lo hace uniéndose a la subunidad 50S del ribosoma bacteriano. Esto previene el alargamiento de la cadena peptídica durante la síntesis de proteínas y la transcripción de ADN y ARN.