Pro Tools también admite otros formatos de archivo, como WAV (formato de archivo de audio de forma de onda), BWF (formato de archivo WAV de transmisión), CAF (formato de audio central), SDII (Sound Designer II), MP3 (MPEG-1 Audio Layer 3), y AAC (codificación de audio avanzada). Estos formatos varían en términos de compresión, calidad y compatibilidad con diferentes dispositivos y software de audio.
Dependiendo de los requisitos específicos del proyecto, como consideraciones de compatibilidad, calidad y tamaño de archivo, los usuarios pueden elegir el formato de archivo apropiado al exportar o importar archivos de audio en Pro Tools.