En Puppy Linux, el shell de línea de comando predeterminado es el shell BusyBox, también conocido como ash. Este es un shell liviano y versátil que proporciona funcionalidad de línea de comandos estándar de Linux. Otros shells comúnmente utilizados en Puppy Linux incluyen Bash shell (Bourne-Again SHell) y Zsh (Z Shell). Los usuarios pueden cambiar fácilmente entre diferentes shells cambiando la variable de entorno SHELL o invocando el shell deseado directamente desde la terminal.