* fat16: Este fue el sistema de archivos estándar para DOS y las versiones tempranas de Windows. Era el sistema de archivos predeterminado para discos y discos duros más pequeños.
* fat32: Introducido con Windows 95 OSR2, FAT32 ofreció una mayor capacidad de almacenamiento en comparación con FAT16 y se convirtió en el sistema de archivos preferido para discos duros.
Windows 98 también tenía un soporte limitado para lo siguiente:
* ntfs: Mientras que Windows 98 podría leer Volúmenes NTFS, no podía escribir a ellos. Esto significaba que podía acceder a archivos en particiones NTFS, pero no podía crear nuevos archivos, carpetas o modificar los existentes.
Es importante tener en cuenta que Windows 98 no admitió de forma nativa ningún otro sistema de archivos como Ext2/3/4 (Linux) o HFS+ (MacOS).