El sistema de archivos también ocupa algo de espacio en el disco. La cantidad de espacio que ocupa el sistema de archivos depende del tipo de sistema de archivos que utilice.
Por ejemplo, el sistema de archivos NTFS, que utiliza Windows, normalmente ocupa aproximadamente el 2% del espacio total en el disco. Por lo tanto, si formatea un disco duro de 160 GB con NTFS, sólo tendrá unos 156 GB de espacio utilizable.
Además, algunos discos duros pueden tener particiones ocultas que no son visibles para el usuario. Estas particiones se pueden utilizar para almacenar datos de recuperación u otros archivos del sistema. Las particiones ocultas también pueden ocupar parte del espacio en el disco.